「社長から従業員持株会を検討してほしいと言われたが、何から手をつければいいかわからない」——そんな声を持つ兼務人事担当者は少なくありません。従業員持株会は従業員のエンゲージメント向上や財産形成に有効な制度ですが、財務・法務・税務が絡む複雑な仕組みでもあります。この記事では、中小企業の人事担当者が最低限おさえておくべき従業員持株会の設立の流れ・税務の基礎・運営コストの現実を整理します。
そもそも非上場の中小企業でも従業員持株会は設立できるのか
従業員持株会には「上場向け」と「非上場向け」の2種類がある
従業員持株会と聞くと「大手上場企業の制度」というイメージを持つ方が多いですが、非上場の中小企業でも設立は可能です。上場会社の従業員持株会は金融商品取引法や日本証券業協会の規則に基づきますが、非上場会社の従業員持株会は民法上の任意組合として設計するのが一般的です。つまり、法的な根拠も手続きの流れも、上場・非上場では大きく異なります。上場企業向けの解説記事をそのまま参考にすると、非上場企業には適用できない内容が混在している点に注意が必要です。
中小企業にとってのメリットと向いているケース
従業員持株会を導入する主なメリットは、従業員が会社の株主になることで当事者意識が高まり、エンゲージメントや定着率の向上が期待できる点です。また、創業者が保有する株式の一部を従業員に分散させることで、将来的な事業承継や株価対策としても機能します。特に「幹部社員に自社株を持たせたい」「採用競争力を高めたい」という経営課題がある場合には、検討する価値があります。一方で、従業員数が20名以下と少ない場合や、資本政策が固まっていない段階では、設立コストに見合わないケースもあります。まず経営陣と「なぜ今、従業員持株会なのか」を整理することが出発点です。
従業員持株会導入前に確認しておくべき前提条件
非上場株式には「譲渡制限」が設けられているケースがほとんどです。従業員持株会を設立する前に、定款に定められた譲渡制限の内容を確認し、従業員持株会への株式移転が定款上問題ないかを確認する必要があります。また、非上場株式には市場価格がないため、税務上の時価（主に相続税評価額をベースとした株価算定）を別途行う必要があります。この株価算定は税理士や公認会計士に依頼するのが通常で、算定コストも考慮に入れておきましょう。
従業員持株会設立までの手続きの全体像を把握する
設立に関わる専門家と人事担当者の役割分担
従業員持株会の設立には、税理士・司法書士・弁護士・場合によっては証券会社や信託会社など、複数の専門家が関与します。兼務人事担当者がすべてをコントロールするのは現実的ではないため、「どこを外部に任せ、人事担当者は何を担うか」を最初に整理することが重要です。一般的には、規約のたたき台作成・株価算定・定款変更は専門家に委託し、人事担当者は従業員への説明会の段取りや加入手続きの窓口対応を担うことが多いです。全体の進行管理は人事または経営企画が担う形が理想的です。
従業員持株会設立手続きの主な流れ
非上場会社が従業員持株会を設立する際の手続きは、大きく以下の流れで進みます。まず最初に、経営判断として資本政策との整合を確認します。次に、従業員持株会規約を作成し（民法上の任意組合として設計）、必要に応じて株主総会・取締役会での承認を得ます。その後、定款の譲渡制限条項を確認・変更し、税務上の株価算定を実施します。続いて、金融機関や信託会社との管理委託契約を締結するか、自社管理とするかを決定します。最後に、従業員向けの説明会を開いて任意加入を促し、運営を開始します。このプロセスは最短でも3〜6ヶ月程度かかるのが現実的で、短期間での設立を急ぎすぎると制度の不備につながります。
説明会での任意性の担保は特に重要
従業員への加入案内の場面で見落とされがちなのが「任意性の担保」です。上司や経営者が従業員持株会への加入を事実上強制するような言動があれば、ハラスメントと見なされるリスクがあります。説明会では「加入は完全に任意であり、加入しないことで不利益は一切ない」と明示することが必須です。また、加入勧誘の記録を残しておくことも、後のトラブル防止に有効です。人事担当者として、制度の説明と同時にこの任意性の原則を守る運営を設計段階から組み込んでおきましょう。
税務上の扱いを人事担当者が最低限おさえておくポイント
奨励金は「給与所得」として課税される
多くの従業員持株会では、会社が従業員の拠出額に対して一定割合（例：5〜10%）を上乗せする「奨励金」制度を設けています。この奨励金は、会社側では給与として損金算入が可能です。一方、従業員側では奨励金部分が給与所得として認識され、源泉徴収の対象となります。たとえば、月1万円拠出して会社が1,000円の奨励金を付ける場合、その1,000円は給与として課税されます。従業員から「お得な制度だと聞いたのに税金がかかるの？」と聞かれた際に答えられるよう、この点は制度説明の際に必ず明示することが重要です。
配当・売却益の税務は上場株式と大きく異なる
上場株式の場合、配当所得と譲渡損失の損益通算が可能ですが、非上場株式にはこの仕組みが適用されません。非上場株式の売却益は申告分離課税ではなく「総合課税」の対象となり、他の所得と合算されて累進課税が適用されます。これは、高所得の役員や幹部社員にとって税負担が想定以上に重くなる可能性を意味します。また、非上場株式は市場がないため「売りたいときに売れない」という換金性の問題も抱えています。従業員への制度説明では、こうした非上場株式特有のリスクを正直に伝えることが信頼の維持につながります。
株価算定のズレが税務リスクになることがある
非上場株式を低い価格で従業員に譲渡した場合、税務上の時価との差額が「経済的利益」として課税対象になることがあります。たとえば、税務上の時価が1株1万円と算定される株式を5,000円で譲渡した場合、差額の5,000円が給与所得として課税される可能性があります。この問題を避けるために、税務上の時価算定を適切に実施し、取引価格の根拠を文書化しておくことが重要です。税理士への相談なく進めると後から税務調査で指摘されるリスクがあるため、設立前の段階から税務の専門家と連携して進めましょう。
運営コストの現実——見えないコストを把握する
従業員持株会設立時にかかる初期費用の目安
従業員持株会の設立には、規約作成・株価算定・定款変更登記・説明会資料作成など、さまざまな初期コストが発生します。専門家への委託費用を含めると、初期費用だけで数十万円以上になるケースは珍しくありません。具体的には、税理士への株価算定費用が10〜30万円程度、司法書士への定款変更費用が5〜10万円程度、規約の法的レビューを弁護士に依頼する場合はさらに10〜30万円程度が目安です。中小企業の場合、これらのコストを「投資対効果」の観点で経営陣に説明できるよう整理しておくことが求められます。
設立後にかかる継続的な運営コスト
従業員持株会の設立時の費用だけでなく、運営開始後も継続的なコストが発生します。信託会社や証券会社に運営を委託する場合は、月額の管理手数料（数万円〜）が発生します。自社管理を選択した場合でも、毎月の拠出金管理・株式購入事務・配当金の分配処理・退職時の払い戻し手続きなど、人事担当者の工数が定常的に発生します。20〜50名規模の企業では、外部委託のコストに対して恩恵を受ける従業員数が少なく、一人当たりのコストが割高になりやすい点は念頭に置いておきましょう。
退職・相続・脱退時のイレギュラー対応も想定する
従業員持株会の運営で特に人事担当者の負荷が高まるのが、退職・相続・脱退といったイレギュラーケースへの対応です。退職者の持分をどのように払い戻すか、相続が発生した場合に遺族への手続きをどう進めるか、これらをあらかじめ規約に明記しておかないと、個別対応が発生するたびに混乱が生じます。また、株価が下落した局面では「なぜこんなに減ったのか」という従業員からの問い合わせや不満が人事に集中することもあります。制度設計の段階で、こうした場面を想定したルールと説明文書を準備しておくことが、長期的な運営コストの削減につながります。
🔗 社員のメンタル不調に、精神科・心療内科医によるスポット産業医サービス →
中小企業が従業員持株会の代わりに検討できる選択肢
ストックオプションや株式報酬との比較
従業員のエンゲージメント向上や財産形成という目的に対して、従業員持株会以外にもストックオプション（新株予約権）や信託型株式報酬といった手段があります。ストックオプションは一定期間勤務した従業員に将来の株式購入権を付与する仕組みで、特にスタートアップや成長企業で活用されています。従業員持株会と比べて毎月の拠出負担が従業員にない点がメリットですが、こちらも税務・法務の専門知識が必要です。目的・対象従業員・コスト・税務リスクを比較した上で、自社に最適な手段を選ぶことが重要です。
財産形成支援としての別の選択肢
従業員の財産形成支援という観点では、従業員持株会以外にも財形貯蓄制度（勤労者財産形成促進法に基づく制度）やiDeCo・企業型DCとの連携といった選択肢があります。これらは自社株のリスクを従業員に負わせることなく、財産形成の機会を提供できる手段です。中小企業においては、まずこうした導入ハードルの低い財産形成施策から着手し、会社の成長や資本政策の整備が進んだ段階で従業員持株会を検討するというステップも現実的な判断です。
🔗 人事だけで抱えない。メンタル不調者面談や休職・復職対応を、1件からスポットでご相談 →
まとめ
従業員持株会は、エンゲージメント向上や事業承継対策として有効な制度ですが、非上場の中小企業にとっては財務・法務・税務が複雑に絡み合う取り組みです。設立を検討する際はまず「なぜ今、従業員持株会なのか」という目的を明確にし、信頼できる税理士・司法書士・弁護士と連携しながら慎重に進めることが大切です。一方で、従業員持株会の運営が始まると、従業員からの問い合わせ対応や退職時の手続きなど、人事担当者の日常業務に新たな負荷が加わります。ウェルセンス株式会社では、メンタルヘルス・休職復職支援に加えて、中小企業の人事担当者が抱える日々の労務課題についても幅広くご相談をお受けしています。「従業員持株会の話が出たが、社内の人事体制自体を整えたい」「従業員への制度説明に自信がない」といった場面でも、ぜひ一度お気軽にご相談ください。
よくある質問
ウェルセンスは、メンタル不調者対応・休職復職支援に強い職場メンタルケアサービスです。産業医・保健師・心理士・社労士などの専門家ネットワークが、人事・管理職だけでは判断しづらいケースの初動対応、専門家連携、再発防止まで支援します。
不調者対応を、人事だけで抱えない。
メンタル不調者面談や休職・復職対応を、1件からスポットでご相談いただけます。
